Toimihenkilöt
Valtuusto
Agronomiliiton korkein päättävä toimielin on valtuusto, joka kokoontuu yleensä kaksi kertaa vuodessa. Valtuusto valitsee vaalikauden ensimmäisessä kokouksessa keskuudestaan puheenjohtajan ja kaksi varapuheenjohtajaa koko valtuustokaudeksi.
Valtuusto valitsee hallituksen ja sen puheenjohtajan. Lisäksi valtuusto vahvistaa toimintasuunnitelman ja talousarvion ja päättää jäsenmaksuista sekä liiton säännöistä.
Valtuusto koostuu 25 edustajasta: 23 edustajaa valitaan vaaleilla, 2 edustajaa valitaan opiskelijajäsenten piiristä. Opiskelijaedustajien toimikauden pituus on 2 vuotta ja muiden edustajien 4 vuotta.
Hallitus
Hallitus hoitaa liiton asioita sääntöjen ja valtuuston päätösten mukaan. Agronomiliiton hallituksessa on seitsemän jäsentä, joista yksi on opiskelijajäsen. Hallitus kokoontuu keskimäärin kerran kuussa. Valtuuston puheenjohtajalla on hallituksen kokouksissa läsnäolo- ja puheoikeus.
Sama henkilö voi istua hallituksessa yhtäjaksoisesti enintään kaksi kautta eli kuusi vuotta. Rajoitus ei koske puheenjohtajaa.
Hallitus on valtuuston työrukkanen. Se valmistelee toimintakertomuksen ja tilinpäätöksen, laatii talousarvion ja toimintasuunnitelman.
Säätiöt
Agronomiliiton yhteydessä toimii kolme säätiötä: Oiva Kuusisto Säätiö sr, Henrik ja Ellen Tornbergin Säätiö sr ja Agronomiliiton tiede- ja tutkimussäätiö sr. Säätiöillä on omat hallintonsa, mutta käytännön työt hoidetaan Agronomiliiton henkilöstön toimesta.