Agronomiliittoon kuuluu koulutusalayhdistyksiä, joihin järjestäytyvät eri pääaineita yliopistoissa lukeneet jäsenet sekä alueyhdistyksiä, jotka huolehtivat jäsentoiminnasta alueellisesti. Yhdistysten jäseneksi voi liittyä Agronomiliiton jäsen, joka täyttää kyseisen yhdistyksen jäsenyyskriteerit. Jäsen voi liittyä myös useampaan yhdistykseen.
Yhdistysten jäsenmaksut kerätään vuosittain Agronomiliiton jäsenmaksun yhteydessä.
Jäsenmaksut vaihtelevat 5–85 euroa vuodessa.